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6月3日，哈爾西急於從被動捱打的沖繩海域脫身，一面在沖繩群島各島嶼設立雷達站，形成早期預警雷達網；一面從菲律賓調來了部分海軍陸戰隊航空兵的戰鬥機部隊，進駐沖繩島機場。然後親率第38特混編隊北進，襲擊日軍在九州地區的航空基地。

6月4日，美軍陸戰六師的兩個團在那霸西南的小祿半島登陸，迂迴攻擊日軍側背。

6月5日，颱風席捲日本九州海域，美軍第三艦隊遭到了嚴重損失，有32艘艦船受創，142架飛機損毀。為此哈爾西受到了軍事法庭的調查，由胡佛將軍主持的軍事法庭認為哈爾西違反了艦隊在遇到大風暴時如何處置的相關規定，對這次損失負有責任，建議將其撤職或勒令退役，但尼米茲認為哈爾西是民族英雄，如果在戰役尚未結束時就撤去職務，會挫傷美軍計程車氣，長日軍的志氣，因此沒有對他進行處分。

6月8日，美軍第38特混編隊再次北上，空襲日軍在九州地區的航空基地，隨後哈爾西將希爾指揮的登陸編隊留在沖繩海域，以編隊中的護航航母艦載機協同海軍陸戰隊和陸軍航空兵，保護登陸灘頭和運輸船隻，自己率領第38特混編隊返回雷伊泰灣，當第38特混編隊於6月13日到達雷伊泰灣時，這支英雄的部隊已經在海上戰鬥了整整九十二天！現在將在雷伊泰灣做短暫的休整，為7月間向日本本土發動最後一擊做準備。

6月17日，美軍又投入預備隊陸戰二師，該師一個團在沖繩島南端的喜屋武岬附近登陸，協同正面和側翼友軍圍殲日軍。此時日軍的局勢已十分被動，遭到全殲只是時間問題了，為了避免不必要的傷亡，巴克納用明碼電報和廣播向日軍勸降，牛島根本不為所動，以槍炮射擊作為答覆。

6月18日，巴克納中將親臨前線督戰，當他在陸戰八團團部附近小山上觀察部隊推進時，日軍一發炮彈飛來，四下崩飛的彈片和尖銳的碎石片擊中他頭部，當場身亡。要知道日軍當時炮火已極其微弱，當天在他到之前，這裡幾小時都沒有遭到過一次炮擊，令人不可思議的是，日軍第一發炮彈居然就把這位中將集團軍司令炸死了，他也就成為美軍在整個太平洋戰爭中陣亡的軍銜和職務最高的將領。第十集團軍司令由海軍陸戰隊第三軍軍長蓋格少將代理，蓋格因此成為指揮最多陸軍部隊的海軍陸戰隊將軍。

6月19日，牛島在編號第八十九的山洞坑道里向東京發出了最後的訣別電，然後指示部下做最後的決死進攻。

6月22日，美軍突破日軍的最後防線，攻到了沖繩島最南端的荒崎，並將殘餘日軍分割成三部分，日軍都很清楚，末日就要到來了，在坑道里，衛生兵給傷員注射大劑量的嗎啡，使他們平靜地死去。蓋格樂觀地宣佈已經肅清了島上日軍有組織的抵抗。

6月23日凌晨四時，牛島知道美軍即將佔領他所在的摩文仁坑道，脫下軍裝，換上和服，與身邊的參謀一一乾杯，喝完了最後的訣別酒，然後剖腹自殺。他的參謀長追隨他剖腹自殺，還有一些軍官也隨之集體自殺。至此，日軍有組織的抵抗才告平息，而零星日軍的抵抗仍在繼續，清剿殘餘日軍的工作一直持續到6月底。

7月2日，尼米茲正式宣佈沖繩戰役結束。但日軍殘部還沒徹底肅清，直到戰爭結束的9月7日，還有日軍在堅持戰鬥。

戰役進入尾聲後，有相當多的日軍放下了武器，這在以前是非常罕見的，6月15日前，兩個半月的戰鬥中美軍總共才俘虜日軍322人，而從6月15日到6月30日，日軍不僅有個人或小組投降，甚至還有成建制的部隊在軍官帶領下投降，僅海軍陸戰隊第三軍就收容日軍投降人員4029人。還有一些日軍脫了軍裝，裝扮成平民逃避被俘的命運，美軍從平民中搜捕出的日軍就有1700餘人，但還有不少人始終沒被美軍發