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當時，大本營的核心人物是參謀次長川上操六，以他為中心的軍部，主張早日入朝與大清帝國開戰，可是內閣卻擔心開戰過早會遭致歐美干涉，堅持先繼續進行外交準備，主張推遲開戰。伊藤博文要求自己和外相陸奧宗光出席大本營會議。7月26日，也就是在大本營成立一個多月之後，才敕命伊藤博文和陸奧宗光出席大本營會議。此時，聯合艦隊在首相還被排斥在大本營會議之外的時候，已經不宣而戰。

在日清開戰後不久，伊滕博文起草了一份意見書，提出一要速戰速決，二要政治策略與戰略一致。他強調，忽視第二點，&ldo;僅僅靠單方面的軍事力量是不能完成任務的，必須見機行動，始終要謹慎考慮外交關係，不使國家陷於危險境地&rdo;，這是今天最大的&ldo;國家要務&rdo;。因此，絕對有必要&ldo;文武配合&rdo;。

伊藤博文的願望落空了。

1894年8月，應樞密院議長山縣有朋的強烈請求，任命他為新編的第一軍司令官。該軍是在第五師團的基礎上增加第三師團組建的。由樞密院的議長兼任前線的司令官，這在日本帝國空前絕後，況且山縣有朋人稱&ldo;陸軍之父&rdo;，陸軍就是以他為主的一幫子人搞起來的，軍中地位無人可比，朝中資歷也不比首相伊藤博文淺，再加上統帥權獨立，因此能夠約束他的，就只有天皇。

伊藤博文擔心山縣有朋一旦將在外，我行我素會壞事。於是，明治天皇根據伊滕博文的建議，在送山縣有朋軍出征時，特意讓首相也出席作陪，並訓示他一番，要他注意文武配合、遵守大本營的指示、在交戰地要與外交官合作云云。

1894年11月3日，山縣有朋向大本營提出了《徵清三策》，積極主張冬季作戰。但大本營命令就地冬季宿營。這讓求戰心切的山縣有朋心懷不滿。11月21日，第二軍只用了1天的時間，就佔領了旅順。這讓本來就對大本營命令不滿的山縣有朋更受刺激，別人打勝仗，自己卻要呆著，這算什麼事呀？在11月25日，他擴大解釋川上操六參謀次長所屬的鹽屋兵站監督所下達的命令，擅自下令進攻海城。

伊藤博文也算是有先見之明。他當初擔心的事情終於發生了。儘管山縣有朋無視軍紀，可大本營並沒有立即一道命令解除這個戰地集團軍司令官的職務。第三師團長桂太郎哭著求首相伊藤博文想辦法解決這事。伊滕博文請求天皇以療養疾病為名，下令召回山縣有朋。11月29日，天皇客客氣氣地向山縣有朋下達了敕命：&ldo;朕與卿不見久矣。今又聞卿身染疾病，不堪軫念。朕更欲親聞卿述敵軍之全部情況。卿宜迅速歸朝，奏之。&rdo;

事情到了這個份上，山縣有朋居然回電大本營，說自己病已經好轉，很快就康復了，要求轉奏天皇，準許他不回國。大本營沒有答應他的要求。12月6日，山縣有朋不得不卸職回國。

召回山縣有朋，保證了統帥權的一元化，起到了抑制駐外人員獨斷專行的作用。可是軍政之間的關係，並沒有因此在制度上有什麼實質性的改進。軍方依然把軍權視為不容政府和議會染制的禁臠。伊藤博文將再一次領教軍方的霸氣。

1905年9月5日，日俄簽訂《樸茨茅斯條約》，俄國承認朝鮮是日本的保護國。1906年2月，日本設定統監府，伊藤博文出任第一任統監。統監擁有命令日本駐韓國守備司令官使用兵力的許可權。儘管伊藤博文是深受明治天皇器重的重臣，可他這樣的元老出任統監，仍然踩了陸軍的尾巴。陸軍強烈反對把軍隊指揮權交給文官統監，主張統監武官制。

軍部成了國中之國。雖曰&ldo;皇軍&rdo;，在某種意義上來說，其實是軍人自己的軍隊。他們自行其是，將日本帝國拖進了戰爭的深淵。193